Cuando se hace la repoblación de la Alpujarra en tiempo de Felipe II, Carataunas se repuebla con cristianos viejos traídos de Galicia, Castilla-León y Portugal, son trece los primeros que vinieron y otros tantos para repoblar el pueblo de Barjal, hoy día desaparecido por una crecida del Río Chico a últimos del siglo XVIII. Fue Felipe II quién concedió el titulo de villa. Durante la dominación árabe fue llamado Caratamuz, que es sinónimo de tranquilidad.

Su historia ha ido pareja a la de toda la Alpujarra, comarca que, por su aislamiento geográfico, ha desarrollado una cultura propia y diferenciada, que tuvo su esplendor en su época árabe, toda la Alpujarra era un importante emporio agrícola especializado en la producción de seda.

Tras la conquista de Granada (1492)por los Reyes Católicos, la población sufrió una presión que llego a convertirse en intolerable, en 1568 un rico terrateniente llamada Hernando de Valor que tomo el nombre de Abén Humeya, se levanto en armas provocando una revuelta general entre los moriscos de todo el reino de Granada. Los conflictos entre los moriscos acabaron con la muerte de Abén Humeya (1569).